大部分離子交換樹脂能被污染或被懸浮物夾雜，當PH變更時，重碳酸鹽等相對不溶性鹽類會產生沉淀。此外當吸附或離子交換有些物質時，它們不易被正常再生步驟清除，因此將在樹脂上沉積造成污染。
正常清洗能防止污染物沉積，延長樹脂的使用壽命。
增加再生劑量及增加再生次數(提高溫度)能減少污染，防止夾雜物的永久吸附。
使交換器內離子交換樹脂與足夠再生劑接觸，并采用正常清洗步驟，是經運行實踐證實了的一個極為有益的做法。
1、運行設備中樹脂量損失。
2、給水性質改變，如欲除去的離子量增加，設備出力就將比例減少。
3、運行操作失誤；再生條件不合，未按照規程操作。
4、工廠工程硬件故障。
5、樹脂污染或降解。
上面幾項中，1是最難判斷；2是可以定期對給水水質分析，并及時調整相應操作；3是容易校核的，檢查反洗步驟，淋洗體積及再生劑濃度，使合乎操作規程要求，如1、2、3、4都正常，則應取樣分析樹脂。
樹脂采樣
對樹脂估價并得出結論，關鍵在于如何取樣，樣品須有代表性，如這點不能掌握，由分析人員提供取樣方法，如欲對混床樹脂或其他裝有空氣混合裝置，床內樹脂一般在反洗后分層分布。按照再生及運行方式，頂層樹脂的污染可有很大變化，因此試樣將不具代表性。因此須在不同床層高度分別取樣再將其混合，或取得核心樣品后在送往分析前再行混合。
清洗步驟：
按照污染物質的性質，采用不同步驟清洗被污染樹脂，這些將在本文中論及。
殺菌處理步驟
有時被污染的水源進入離子交換系統，樹脂將被細菌或藻類污染，如樹脂床發現被污染，可采用下述方法：
過乙酸
過乙酸，過氧化氫的衍生物，對微生物有廣譜殺菌作用，研究工作表明，過乙酸在人類醫藥方面對細菌、霉菌及孢子殺菌作用及抗病毒作用的應用日益增加。
由于過乙酸的廣譜殺菌性能，因此也用作樹脂的廣譜殺菌劑(Degussa技術應用部及Homdury化學廠聯合研制成果)，使用過乙酸溶液0.2%(水溶液，反應時間為1小時)能使104-105 /毫升包括霉菌污泥、消滅至零。以過乙酸短期淋洗床層是很有用的(一般采用45分鐘或者10-15床體積)。
除了很好殺菌作用外，過乙酸(按照試驗)對陽樹脂及陰樹脂的交換性能無影響。
如采用過乙酸作為消毒劑，不論是陽樹脂或陰樹脂，可采用下列步驟：
1、如用在陰樹脂，先使樹脂徹底失效，因過乙酸須在PH8以下使用。
2、制備1床層體積(BV)(即將1升/升樹脂)過乙酸溶液，濃度為2%。
3、注入1BV消毒劑，流速為5VB/小時，被置換的水從地溝排除。
4、當所有過乙酸注入完畢，關閉所有閥門，浸泡至少1小時，將樹脂及管系都浸有過乙酸溶液。
5、將殺菌劑淋洗出去，使用生水，流速5BV/小時，至少60分鐘，然后快速沖洗30分鐘。
6、再生樹脂并投入運行。
甲醛
如采用甲醛作為消毒劑，可采用下列步驟：
制備3個床層體積(BV)甲醛溶液，因此須將其稀釋80倍，采用再生劑噴射系統可將此溶液噴入，使濃度為0.5%。
將1BV殺菌劑注入，流速為5BV/小時，被置換水排至地溝。
如可能，排水至液位在樹脂面上50毫米處。
注入第2個1BV殺菌劑溶液，流速與前同，將其留在設備內至少8個小時并最好過夜，在每個排水閥門處均應有甲醛嗅味。
以生水沖洗及排放，直至在排放點不能以Schiff試驗驗出甲醛為止。
將樹脂再生兩次(雙重再生)，然后投入運行。
鐵(及錳)污染
補救方法：
陽樹脂
可用鹽酸再生，但設備內管系都須采用耐鹽酸材質。采用6%鹽酸，使用3個床層體積，并將中間這段鹽酸與樹脂接觸超過二個小時(加熱到40℃則更為有利)。然后樹脂用10%鹽水再生兩次，然后投入運行。
有機物污染及處理
最通常采用的方法是用鹽水，其方法如下：
樹脂須在失效后處理。
須先制備3個床層體積10%鹽水W/V，其中包含2%氫氧化鈉W/V。
一個床體積的鹽水，以不高于2BV/小時流速流經交換床，然后再進入第二個床體積鹽水，將其停留在床內，時間愈長愈好，并不少于4個小時，如能攪拌則更好，在浸泡時間內定期攪拌。
停留時間終了后，第三個床層體積鹽水以1BV/小時的速度進入床內，然后以清凈的水淋洗直到水中無鹽水存在。
樹脂須至少經第二次徹底再生，然后投入運行。
注意事項：
鹽水須至少加熱至35℃，如可能加熱至60℃更好，以得到更好清除有機物的效果。
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